Zur Durchführung des Sportunterrichts stehen am Albrecht-Altdorfer-Gymnasium zwei Turnhallen, ein Sportplatz und das Städtische Hallenbad zur Verfügung, so dass neben den üblichen Sportarten auch Schwimmen angeboten werden kann. Mädchen und Jungen werden mit Ausnahme der Sportkurse in Q11 und Q12 getrennt-geschlechtlich unterrichtet.
In den Jahrgangsstufen 5 mit 7 findet der Sportunterricht dreistündig statt, ab Jahrgangsstufe 8 zweistündig. Die dritte Sportstunde in der Jahrgangsstufe 5 und 6 wird manchmal auch im Klassenverband unterrichtet. Zusätzlich fahren die Schüler in der 7. Jahrgangsstufe alljährlich im Januar in den Skikurs nach Hüttau in das Skigebiet Flachau-Wagrain.
Außerdem gibt es ein Angebot an Wahlunterricht, was z.B. in Volleyball, Mädchenfußball und Fitnesstraining besteht. Dies alles kann von den Schülern freiwillig wahrgenommen werden.
Seit Einführung des G8 gibt es regelmäßig einen Kurs Sport-Additum, welcher den ehemaligen Leistungskurs Sport abgelöst hat. Neu ist, dass die Schüler Sport als schriftliches oder mündliches Abiturfach wählen können.