Schülerinnen und Schüler aus allen Jahrgangstufen sind eingeladen, im Unterstufenchor bzw. Chor des Gymnasiums mitzusingen. In wöchentlicher Probenarbeit werden Chorsätze verschiedener Stile und Epochen einstudiert, die dann bei den drei Schulkonzerten und weiteren schulischen Anlässen präsentiert werden. Durch die Zusammenarbeit mit den anderen Ensembles der Schule ist dabei eine große stilistische Bandbreite möglich, so dass a-cappella-Chormusik vergangener Jahrhunderte neben barocken Oratoriensätzen und Kompositionen aus Jazz, Rock und Pop stehen kann.
In der Oberstufe haben die Schülerinnen und Schüler ferner die Möglichkeit, am Profilfach Vokalensemble teilzunehmen. Über die Chorarbeit hinaus lernen sie Grundlagen der Stimmphysiologie und Probenarbeit und erhalten grundlegende Stimmbildung in Kleingruppen. Das Profilfach bildet die Grundlage des Kammerchores, an dem auch besonders interessierte Sängerinnen und Sänger anderer Jahrgangstufen teilnehmen. Geleitet werden die Chorgruppen von OStR Dr. Johannes Buhl.
Das Orchester des Albrecht-Altdorfer-Gymnasiums setzt sich in sinfonischer Besetzung aus Streichern, Bläsern und nach Bedarf auch aus Schlagwerk und Tasteninstrumenten zusammen. In wöchentlicher Probenarbeit werden anspruchsvolle Werke in unterschiedlichen Besetzungen von Barock, über Klassik und Romantik bis zur Moderne erarbeitet. Regelmäßig erhalten besonders fortgeschrittene Schülerinnen und Schüler die Gelegenheit, in Begleitung des Orchesters mit Solobeiträgen hervorzutreten. Aber auch für Jüngere bietet sich durch das Hineinwachsen in das Orchester die Möglichkeit, musikalisches Zusammenspiel, Freude am gemeinsamen Musizieren und an der Erarbeitung von Orchesterliteratur zu entwickeln. Besonders die Gestaltung der drei großen jährlichen Schulkonzerte und die Zusammenarbeit aller Ensembles der Schule bei den Konzertauftritten ermöglichen musikalische Erlebnisse, die oft weit über die Schulzeit hinaus prägend wirken.
Besonders interessierte Schülerinnen und Schüler haben im Kammerorchester die Möglichkeit eines vertieften und intensivierten Zusammenspiels in diesem kleiner besetzten Ensemble. Auch hier sind alle Instrumentengruppen je nach Besetzung der ausgewählten Werke vertreten. Dieses Ensemble wird stark vom Profilfach (INS, also dem Instrumentalensemble der Oberstufe) geprägt, steht aber auch jüngeren fortgeschrittenen Schülerinnen und Schülern offen. Die Leitung der Orchester hat OStRin Dr. Hildegard Surner inne.
Seit dem Schuljahr 2012/13 haben in erster Linie Schülerinnen und Schüler der Oberstufe die Möglichkeit in einer Jazz-Combo zu musizieren. Hier werden Standards aus dem reichhaltigen Repertoire des „Great American Songbook“ erarbeitet oder auch Stücke anderer Genres in verschiedene Stile des Jazz verwandelt. Darüber hinaus werden Grundlagen von Improvisation sowie stiltypischer Aspekte vermittelt und erprobt. Für interessierte Schülerinnen und Schüler der Oberstufe bietet sich die Jazz-Combo auch als Ensemble für das Profilfach Musik an. Die Leitung der Jazz-Combo liegt bei StR Andreas Wanninger.
Nach der über Jahrzehnte hinweg erfolgreichen Kooperation des RTG Nittenau und des AAG Regensburg wurde die langjährige Leiterin Frau OStRin Vielberth-Baer im Sommer 2020 in den wohlverdienten Ruhestand verabschiedet. Die somit seit dem Schuljahr 2020/21 eigenständige AAG-Big Band probt wöchentlich und verschreibt sich verschiedenen JazzStandards sowie Stücken anderer Genres, die in ein neues „jazziges“ Gewand gehüllt werden. Willkommen sind neben den typischen Big Band-Instrumenten Trompete, Saxophon, Posaune, Klavier, (Kontra-)Bass, Gitarre und Schlagzeug auch andere Blasinstrumente. Leiter der Big Band ist StR Andreas Wanninger.
Bei allen drei großen Schulkonzerten wirken Chöre, Orchester und Ensembles der Schule mit Schülern und Schülerinnen aus allen Jahrgangsstufen zusammen. Das gemeinsame Musizieren in den großen Ensembles, solistische Einzelleistungen, begleitet von Chor oder Orchester und das Zusammenwirken aller musikalischen Kräfte der Schule machen die Konzerte für die Musizierenden und für die Zuhörer zu besonderen Erlebnissen.